Estudio, selección e implementación de algoritmo de selección con ranking para mejorar la clasificación de interacciones de proteínas utilizando energías

Abstract

La Interacciones Proteína-Proteína (IPP) tienen un papel muy importante para poder descubrir la función que cumple una proteína como también en diversos procesos celulares y biológicos. Dada esta importancia existe una gran cantidad de investigaciones sobre las Interacciones Proteína-Proteína las cuales han dejado mucha información acumulada en las bases de datos. La ciencia de la computación ha atraído mucho la atención en estas últimas décadas por su capacidad de procesar grandes cantidades de datos las cuales pueden ser aplicadas como técnicas para entender el funcionamiento de las Interacciones Proteína-Proteína y la clasificación de los resultados experimentales. Para clasificar las Interacciones Proteína-Proteína se ha demostrado en los últimos años que es necesario poner gran atención sobre la zona de interacción en donde se producen diferentes tipos de características energéticas que pueden contribuir para la clasificación de complejos proteicos. En esta investigación se trabaja en base a las propiedades de características energéticas sobre complejos de proteínas que fueron previamente clasificados según su tiempo de duración en la interacción, además de complementar investigaciones anteriores desde donde se obtiene un conjunto de características energéticas representadas a través de matrices sobre las cuales se utilizó algoritmos de selección de características para obtener como salida un conjunto final de estas características energéticas ordenado por relevancia según un criterio de evaluación. Los datos de las matrices fueron obtenidos a través de la aplicación FastContact en donde se obtienen las características energéticas de la superficie de interacción entre proteínas. Para poder medir los resultados aplicando los algoritmos de selección de características se utilizó la aplicación Weka la cual es usada para obtener el nivel de precisión de la clasificación de las clases.