Ludificación de docking proteína-proteína enfocado en incrementar set de complejos de proteínas

Abstract

El estudio de las interacciones proteína-proteína es una campo de mucho interés para la comprensión de los procesos biológicos existentes. Existen tanto métodos experimentales como computacionales para determinar la estructura tridimensional de los complejos proteicos. El primero, a pesar de ser el más preciso, es también el que presenta mayores dificultades técnicas y costos asociados. Es por esta razón, que nace la necesidad del desarrollo de programas computacionales, que generan predicciones acerca de los posibles modos de unión entre las proteínas involucradas en una interacción, con un menor costo asociado en comparación a los métodos empíricos. A este tipo de programas, se les conoce como docking proteína-proteína. Sin embargo, estos algoritmos aún no se encuentran en una etapa madura, por lo cual día a día se siguen desarrollando nuevos algoritmos para mejorar su rendimiento. Dentro de los nuevos enfoques computacionales, se encuentra la ludificación del proceso de docking a través de plataformas interactivas, donde los usuarios intervienen en la búsqueda del espacio conformacional de unión entre las moléculas que forman la interacción proteica. En este trabajo, se pretende desarrollar un sistema con este tipo de enfoque, a través de un sistema de docking proteico interactivo.