Identificación de nuevos factores discriminantes basados en distancia entre aminoácidos en zona de interacción entre proteínas

Abstract

Las proteínas son herramientas biológicas, responsables de la gran mayoría de las funciones biológicas de los seres vivos, además de servir como material estructural de éstos. Las pro- teínas raramente trabajan solas, estas interactúan con ADN, ARN, lípidos y otras proteínas. Las interacciones proteína-proteína en particular, son de vital importancia ya que actúan en la mayoría de los procesos biológicos, tales como la biosíntesis y traducción de señales. Por este motivo áreas como la bioinformática y bioquímica, han intentado comprender las interacciones proteína-proteína. Métodos como la cristalografía de rayos X y de resonancia magnética nuclear han generado gran cantidad de información con respecto a estas interacciones, como la estruc- tura tridimensional de estos complejos. En esta investigación se utilizó los datos de estructuras tridimensionales previamente clasificados (clasificados en complejos transitorios y permanentes) para determinar si la distancia entre aminoácidos pertenecientes a la zona de interacción de los complejos proteicos, influyen en el tipo de interacción que se produce. Los resultados que se obtuvieron indican que existe dicha relación, pero estas características, en la forma en que se generaron y aplicaron, no resultaron tan determinantes como otros métodos como por ejemplo la utilización de las energías producidas por la interacción de aminoácidos pertenecientes a la zona de interacción. Se obtuvo un 75 % de complejos proteicos clasificados correctamente utilizando las características de distancia generadas en esta investigación.